Selbstorganisation ist mittlerweile ein häufig genutztes Wort. Im agilen Kontext wird es in der Regel als Gegenbegriff zu bürokratischen Systemen verwendet. Während Bürokratie auf hierarchischer Ober- bzw. Unterordnung und funktionaler Gliederung beruht, kommt Selbstorganisation mit wenig/keiner formalen Hierarchie aus und überwindet die Einteilung in Vertrieb, Marketing, Design, Entwicklung etc. Cross-funktionale Teams können autonom Entscheidungen treffen, haben end-2-end Verantwortung und sind mit allen Fähigkeiten ausgestattet, um ein Produkt zu entwickeln bzw. eine Dienstleistung auszuführen.
In der Systemtheorie wird der Begriff anders gebraucht. Selbstorganisierte (oder selbstreferenzielle) Systeme bilden eine eigene, stabile Ordnung aus und benutzen dabei immer wieder systemeigene Elemente. Eine Organisation, ein Team oder eine Person nutzt die eigenen Fähigkeiten und Kompetenzen, die im Laufe des Lebens/Bestehens angeeignet wurden, um das eigene Fortbestehen sicherzustellen. In der Hinsicht ist jedes System selbstorganisiert, also auch Bürokratien.
Während im agilen Kontext Selbstorganisation ein qualitativer Begriff ist, der ein mehr oder weniger bzw. besser oder schlechter beinhaltet (deshalb spricht man auch von "reifen" oder "erwachsenen" Teams), kommt Selbstorganisation in der Systemtheorie ein anthropologischer Status zu - wenn man von System spricht, spricht man automatisch auch von Selbstorganisation.
Ein mit Selbstorganisation eng verwandter Begriff ist Emergenz. Häufig wird Emergenz mit "mehr als die Summe der Teile" definiert. Hier ist die Verwendungsweise zwischen agilem Kontext und in der Systemtheorie ähnlich unterschiedlich wie beim Begriff Selbstorganisation. Während Emergenz im agilen bzw. systemischen Umfeld positiv aufgeladen ist, wird dieser Begriff in der Systemtheorie analytisch bzw. neutral verwendet. Emergente Systeme sind in der Systemtheorie Systeme, die ihre eigene Ordnung und Logik ausbilden. Luhmann spricht dabei von Interaktion, Organisation und Gesellschaft (später auch von sozialen Bewegungen) als emergente soziale Zusammenhänge. Jede dieser Ebenen muss somit "von innen" heraus verstanden werden und kann nicht von einer anderen Ebene abgeleitet werden (so wäre es nicht möglich, die Logik von Interaktionen alleine auf Grundlage der sie umgebenen Organisation oder der handelnden beteiligten Personen zu verstehen). Im agilen/systemischen Kontext wird Emergenz als ein erfreulicher Zustand begriffen: Wenn beispielsweise ein Team beginnt "selbstständig zu laufen", wird von einer neuen emergenten Ordnung gesprochen.
Dass Begriffe zwischen Wissenschaft und praxisnahen Reflexionstheorien unterschiedlich verwendet werden, hat mit der unterschiedlichen Problembearbeitung zu tun. Während in der Wissenschaft wissenschaftliche Probleme adressiert werden, werden mit praxisbezogenen Reflexionstheorien praktische Probleme aufgedeckt und bearbeitet. Analytische Begriffe eignen sich zwar, um die Praxis zu analysieren, sind aber nicht so konstruiert, um konkrete Lösungen abzuleiten.